Komplikasjoner av Crohns sykdom kan eller ikke er relatert til betennelsen i tarmen. Intestinale komplikasjoner av Crohns sykdom inkluderer hindring og perforering av tynntarmen eller kolon, abscesser (samlinger av pus), fistulae og intestinal blødning. Massivt distanse eller dilatasjon av tykktarmen (megacolon) og ruptur (perforering) av tarmen er potensielt livstruende komplikasjoner. Begge kan kreve kirurgi, men heldigvis er disse to komplikasjonene sjeldne. Nylige data tyder på at det er økt risiko for kreft i tynntarmen og tykktarmen hos pasienter med langvarig Crohns sykdom, men studier er motstridende.
Andre komplikasjoner involverer huden, leddene, ryggraden, øynene, lever, bein og gallekanaler. Hud involvering inkluderer smertefulle, røde og hevede flekker på bena (erytem nodosum) og en sårende hudtilstand som vanligvis finnes rundt anklene som heter Pyoderma Gangrenosum. Smertefulle øyeforhold (uveitt, episkleritt) kan forårsake visuelle vanskeligheter. Leddgikt kan forårsake smerte, hevelse og stivhet i leddene i ekstremitetene. Betennelse av den lave ryggen (sacroiliac felles leddgikt) og av ryggraden (ankyloserende spondylitt) kan forårsake smerte og stivhet. Betennelse i leveren (hepatitt) eller gallekanaler (primær sclerosing cholangitis) kan også oppstå. Skleroserende kolangitt forårsaker innsnevring og hindring av kanalene som drenerer leveren og kan føre til gul hud (gulsott), tilbakevendende bakterielle infeksjoner og levercirrhose med leversvikt. Skleroserende kolangitt med leversvikt er en av grunnene til å utføre en levertransplantasjon. Skleroserende kolangitt er ofte komplisert av utviklingen av kreft i gallekanalene eller galleblæren. Folk som også har cirrhose, har økt risiko for å utvikle leverkreft.
Næringsfagene forbundet med Crohns kan kompromittere et barns vekst, og kan svekke beinene, noe som fører til osteoporose.